Массовый анализ более 10 000 различных изолятов бактерий Mycobacterium tuberculosis из 23 стран выявил новые гены, связанные с устойчивостью к 13 новым и перепрофилированным антибиотикам первого и второго ряда. Работа, проведенная Международным консорциумом «Комплексное прогнозирование устойчивости к туберкулезу» (CRyPTIC), описана в двух новых статьях, опубликованных 11 августа в журнале открытого доступа PLOS Biology .
Туберкулез (ТБ) является излечимым и предотвратимым заболеванием; 85% пострадавших можно успешно лечить шестимесячным курсом лекарств. Несмотря на это, за последние годы от туберкулеза погибло больше людей, чем от других инфекционных заболеваний , а лекарственно-устойчивый туберкулез представляет собой постоянную угрозу. Лучшее понимание вариантов M.tuberculosis , придающих устойчивость к антибиотикам , важно как для лучшего мониторинга устойчивых штаммов , так и для разработки новых лекарств.
В первой новой статье исследователи описали, как они собрали открытый доступ к данным о 12 289 изолятах M.tuberculosis, обработанных в партнерских лабораториях CRyPTIC по всему миру. Каждый изолят был секвенирован, а затем протестирован на высокопроизводительной сетке с различными концентрациями 13 противомикробных препаратов. Из образцов, включенных в сборник, 6814 были устойчивы по крайней мере к одному препарату, включая 4685 образцов, устойчивых к нескольким препаратам или к рифампицину первой линии лечения.
Во втором документе консорциум представил результаты полногеномного исследования ассоциаций (GWAS) с использованием данных о 10 228 изолятах M.tuberculosis. Для всех 13 препаратов группа обнаружила некаталогизированные варианты, связанные со значительным повышением минимальной ингибирующей концентрации — самой низкой концентрации антибиотика, останавливающей рост M.tuberculosis. Анализ этой концентрации, а не бинарного результата «резистентность или нерезистентность», позволил идентифицировать варианты, которые вызывают лишь незначительные изменения ответа на антибиотики, которые можно преодолеть путем увеличения дозы препарата. Исследователи выбрали 20 наиболее значимых генов, которые придают устойчивость к каждому препарату, и более подробно описали величину эффекта и вариации внутри этих конкретных генов.
«Наше исследование демонстрирует способность глобального партнерства существенно улучшить наши знания о генетических вариантах, связанных с устойчивостью M. tuberculosis к противомикробным препаратам», — отмечают авторы.
Вместе эти документы не только раскрывают конкретные гены , за которыми можно следить, чтобы лучше понять ландшафт устойчивости M. tuberculosis, но и создают основу для будущих исследований патогена.
«Компендиум не предназначен для измерения распространенности или оценки «реальных» коэффициентов ошибок инструментов прогнозирования устойчивости; скорее, он служит ресурсом для ускорения разработки диагностики устойчивости к противомикробным препаратам путем обогащения каталогов мутаций для прогнозирования [ полного геномного секвенирования ], улучшая наши понимание генетических механизмов резистентности и выявление важных диагностических пробелов и моделей лекарственной устойчивости», — говорят авторы. «Компендиум данных полностью открыт, и есть надежда, что он облегчит и вдохновит будущие исследования на долгие годы».
