Растущее количество доказательств подчеркивает важность кишечных бактерий человека в регулировании здоровья, обмена веществ и болезней человека. Однако бактерии - это только часть истории. Вирусы, заражающие эти бактерии, также формируют нас. Фредерик Д. Бушман, доктор философии , профессор микробиологии в Медицинской школе Перельмана при Пенсильванском университете , провел исследование, опубликованное в этом месяце в Proceedings of the National Academy of Sciences, в котором была проведена секвенирование ДНК вирусов - вирома - настоящего времени. в кишечнике здоровых людей .
Связанные изображения
Филогенетическое дерево последовательностей обратной транскриптазы.
Филогенетическое дерево последовательностей обратной транскриптазы. Сэмюэл Майнот, Медицинский факультет Перельмана, Пенсильванский университет, PNAS )
Ссылки по теме
Перельмана Медицинская школа
Система здравоохранения Пенсильванского университета
Около 48 миллиардов оснований ДНК, генетических строительных блоков, было собрано в стуле 12 человек. Затем исследователи собрали блоки как кусочки головоломки, чтобы воссоздать целые геномы вируса. От сотен до тысяч различных вирусов были собраны для каждого человека, из которых все, кроме одного типа, были бактериофагами - вирусами, заражающими бактерии, - чего и ожидала команда. Другой был патогеном человека, вирусом папилломы человека, обнаруженным у одного человека. Бактериофаги ответственны за токсическое действие многих бактерий, но их роль в микробиоме человека начали изучать только недавно.
Чтобы оценить вариабельность вирусных популяций среди 12 изученных лиц, команда Бушмана во главе с аспирантом Сэмюэлем Майнотом искала участки оснований, которые отличались больше всего.
Их опрос выявил 51 гипервариабельный регион среди 12 исследованных людей, которые, к удивлению команды, были связаны с генами обратной транскриптазы. Ферменты обратной транскриптазы, чаще связанные с репликацией ретровирусов, таких как ВИЧ, копируют РНК в ДНК. Из 51 области 29 имеют последовательность и структурное сходство с одной хорошо изученной обратной транскриптазой, гипервариабельной областью бактериофага Bordetella BPP-1. Bordetella - это микроб, вызывающий у собак питомниковый кашель.
BPP-1 использует обратную транскриптазу и подверженный ошибкам механизм копирования, чтобы модифицировать белок, чтобы способствовать проникновению и воспроизведению в широком спектре вирусных мишеней. Бушман и его коллеги предполагают, что недавно открытые гипервариабельные области могли бы выполнять аналогичную функцию в вироме человека и микробиоме в расширении.
