Достижения в обнаружении и количественном определении вирусных патогенов в сточных водах

Исследователи из Сингапурского Массачусетского технологического института и международные сотрудники добились успехов в обнаружении вирусов в сточных водах, разработав новый количественный анализ RT-qPCR, который способен обнаруживать омикронный вариант SARS-CoV-2. Такие тесты позволяют осуществлять надзор за сточными водами, чтобы точно отслеживать динамику вариантов в любом конкретном сообществе или группе населения, а также поддерживать и информировать о реализации соответствующих мер общественного здравоохранения, адаптированных в соответствии с конкретными характеристиками конкретного вирусного патогена. В другом документе исследователи и сотрудники SMART также рассмотрели будущее наблюдения за сточными водами, обозначив проблемы и возможности и наметив его потенциал для подготовки общества к будущим вирусным вспышкам.

Мониторинг сточных вод появился во время пандемии COVID-19 как эффективный и неинвазивный способ отслеживания вирусной вспышки, а достижения в области технологий позволили исследователям не только выявлять, но и количественно определять наличие конкретных вариантов, вызывающих озабоченность (ЛОС) в сточных водах . образцы. Эта способность подсчитывать и оценивать отдельные ЛОС является уникальной для анализа с открытым исходным кодом SMART и позволяет исследователям точно определять тенденции перемещения в сообществе. Следовательно, этот анализ может показать, какая доля вируса SARS-CoV-2, циркулирующего в сообществе, принадлежит к определенному варианту .. Это особенно важно, поскольку различные ЛОС SARS-CoV-2 — альфа, дельта, омикрон и их ответвления — появлялись в разные периоды пандемии, каждый из которых вызывал новую волну инфекций, к которым население было более восприимчиво.

Исследователи SMART сообщили в июле прошлого года о первом из этих прорывов, разработав количественный анализ альфа-варианта SARS-CoV-2 в сточных водах, а также работая над аналогичным анализом дельта-варианта. Ранее обычные методы обнаружения сточных вод позволяли обнаруживать только наличие вирусного материала SARS-CoV-2 в образце, не идентифицируя вариант вируса.

Delta перешла под контроль omicron в течение трех недель в Италии

Исследователи SMART разработали аналогичный количественный анализ для варианта омикрон, аллель-специфический анализ RT-qPCR, который одновременно нацелен на участок мутаций от Q493R до Q498R, что позволяет количественно обнаруживать омикрон в сточных водах. Это описано в их статье «Быстрое вытеснение дельта варианта SARS-CoV-2 омикроном, выявленное с помощью аллель-специфической ПЦР в сточных водах», опубликованной в Water Research .

В своем исследовании SMART обнаружил, что увеличение охвата населения ревакцинацией в Италии совпало с полным замещением дельта-варианта омикронным в образцах сточных вод, полученных на очистных сооружениях Torbole Casaglia с размером водосбора 62 722 человека. Заняв менее трех недель, быстрый темп этого смещения можно объяснить инфекционным преимуществом омикрон над ранее доминирующей дельтой у вакцинированных лиц, что может быть связано с более эффективным уклонением омикрон от иммунитета, вызванного вакцинацией.

«В мире, где COVID-19 носит эндемический характер, мониторинг ЛОС посредством наблюдения за сточными водами станет эффективным инструментом для отслеживания вариантов, циркулирующих в сообществе, и будет играть все более важную роль в управлении ответными мерами общественного здравоохранения», — сказал соавтор. автора статьи и старший научный сотрудник SMART AMR Федерика Армас. «Эта работа продемонстрировала, что наблюдение за сточными водами можно использовать для быстрого и количественного отслеживания ЛОС, присутствующих в сообществе».

Добавить комментарий